O lugar era originalmente parte da área do Recôncavo onde desde o século XVII se instalaram os engenhos produtores da cana-de-açúcar.
O município foi criado com a emancipação de Salvador do distrito de Água Comprida, com sua denominação atual, em 7 de novembro de 1961, pela lei 1538. Seu nome homenageia o jornalista e político Ernesto Simões Filho, fundador do jornal A Tarde, ainda hoje existente.
A emancipação foi fruto de pleito da comunidade, em que teve destaque as atuações dos emancipadores: Walter José Tolentino Álvares, Altamirando Ramos, Noemia Meireles Ramos, Profª Maria Chaves, Padre Luiz Palmeira.
Integrando a Região Metropolitana de Salvador em 1973, por lei federal, desde esse período recebeu a instalação de diversas indústrias, sendo registrados mais de mil empreendimentos.
O pioneiro do saneamento no município foi Engenheiro Simões. Em 1929, quando adquiriu a fazenda "Engenho Novo", providenciou a vinda de uma equipe de serviço de malária para executar os trabalhos de abertura de valas e córregos, a fim de exterminar a febre pelúcida que ceifava vidas, na antiga Água Comprida.
Esta era a Estação Ferroviária de Água Comprida
Esta é a atual Estação Ferroviária de Simões Filho
Esta Foto é da Prefeitura de Água Comprida
Esta é a atual Prefeitura de Simões Filho
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